最近Flex Builderを使っているのですが，最初から対応しているバージョン管理システムがCVSしかないなくて困っていました．Flex BuilderはEclipseがベースなのでEclipse用のプラグインが動くはずだと思い，いじっていたら動いたようなので書いておきます．
まずMercurial Eclipseのサイトを見るとSoftware updateを使えと書かれていますが，Flex BuilderはSoftware updateのメニューが消してありますので使えません．そこで直接jarファイルをPluginsのページからダウンロードします．ダウンロードしたjarをFlex Builderのpluginsディレクトリ(Macなら”アプリケーション”→”Adobe Flex Builder 3”→plugins)に置いた後，Flex Builderを起動します．
起動後にMercurialの設定について聞かれますので，hgやgpgの場所などの設定をします．私の場合はfinkでMercurialを入れてあるので，それぞれ/sw/bin/hg,/sw/bin/gpgとしました．後は”パースペクティブの設定”→”新規”,”ビューの表示”でMecurialにチェックを入れれば設定完了です．
Mercurialで管理するためには，管理下に置きたいプロジェクトを右クリック→”チーム”→”プロジェクトの共用”→”Mercurial”で設定した後に，”チーム”→”Commit”で管理したいファイルをコミットすれば良いです．